外觀差異
木作櫃與系統櫃以外觀來說主要差異會有幾個:
- 封邊
- 排孔
- KD結合器
- 固定隔板
封邊
不管是木作櫃或系統櫃，板材表面會貼附表面材質，依據尺寸完成切割後，需要將外露端面黏貼上同顏色的封邊條，這動作稱為封邊。一般木作櫃的門片及桶身都使用PVC封邊條封邊，而系統櫃桶身使用PVC封邊條封邊(開放櫃可以前端封ABS)，門片使用ABS封邊條封邊。
而兩種材質最主要差異是耐磨及邊緣銳利度，PVC封邊條厚度約0.5mm，因為是薄片所以封邊後邊緣比較銳利，而ABS封邊是有厚度約1~2mm，封邊會修成圓角，所以摸起來圓滑不割手。
排孔
用過系統櫃的應該都有看過，桶身的左右側板都有各有2排小孔，小孔的間距為32mm，排孔的主要目的是用來置放隔板，系統櫃出廠時一般都會打排孔，有特殊情況時也可以要求不打排孔。而木作櫃因為是手工製作，現場師傅根據設計圖的分隔，在板面上鑽大約直徑7mm的銅珠孔埋入母銅珠，鎖上公銅珠後就可以放置層板，一般會像下面圖片一樣上下多打一孔，可以讓使用者微調。
若比較木工櫃與系統櫃在層板使用上的差異，無疑系統櫃的使用彈性是更好的，調整層板的間距是更方便與自由，若要增加層板也是簡單方便，完全不需要師傅再到現場，但木作櫃就沒有那麼便利，一開始若沒有規劃好，入住後想要再增加隔板，是需要師傅再到現場鑽銅珠孔，費用也是會比系統櫃高，因為需要材料費＋工資，而系統櫃只需要材料費。
KD結合器
系統櫃體的結合方式是使用木釘及KD結合器(簡稱KD)組合，一般高櫃或矮櫃通常KD是朝櫃外，高櫃頂板的KD已超過視線所以不會注意，而矮櫃頂板通常還有檯面蓋住，完成後不會看到KD，而底板的KD會被踢腳板遮住看不見。
有的設計是一定會看見KD，例如吊櫃通常KD會朝櫃內，平時外觀看不到KD，但放東西就會看到櫃內的KD。
固定隔板
通常系統高櫃都至少會加一片固定隔板，固定隔板的作用是加強桶身的堅固性以及防止桶身放重物變形，固定隔板需搭配固隔器與固隔螺絲固定於桶身，一般若沒接觸過系統櫃的消費者，可能會覺得固隔器很顯眼突兀，系統櫃廠商若沒有先告知，可能會產生不愉快。
工法差異
系統櫃與木工櫃最大的差異就是製作造型櫃，木作櫃可以做出比較多不同造型，包含圓弧收邊，但系統櫃通常就是方正的桶身下去組合，看起來會單調一些，有些系統櫃可以做一些圓弧的踢腳板，或是多邊形櫃，但這些都不是系統櫃的強項，同樣造型用木作櫃施作，速度及品質會優於系統櫃。
